8 Aralık 2016 Perşembe

Labin Yazili Olmayan Kurallari (Yeni Baslayanlar Icin)


(Maalesef klavyem Ingilizce)

Nerden aklima geldi bunu yazmak? Muhterem bir arkadasimizin tupunde kabarciklar olusmustu, ne yacagini bilemez haldeydi. Aldim elinden, agzi kapali bir sekilde 4-5 kez masaya sertce vurdum* ve hooop! Tum baloncuklar gitmisti. Iste o an arkadasimiz aydinlandi, nirvanaya ulasti. Ben de anladim ki aslinda her gun yaptigimiz ve el aliskanligi haline gelen bu deneyimleri paylasmak lazim. 

Lab kitaplarinda belki karsilasabileceginiz ama genelde sozlu olarak anlatilan ya da uygulamali olarak gosterilen bir takim kurallari vardir labin. Mesela laba sag ayakla girmek, girerken uc elham bir kulhuvallah okumak ya da icerdekine selamun aleykum demek degil tabi ki. Bu kisim labin sunnetlerine giriyor. Biz biraz farzlarindan bahsedicez simdi.

Bu kisim bayagi sikici biliyorum ama en buyuk farzimiz bu. Simdi pipetin farzlari 2dir.. Iki kademesi vardir yani genelde pipetlerin. Bunu en iyi pipete tepesinden basarak anlariz.. Ilk kademeye kadar bastiginizda, onceden ayarlamis oldugunuz hacim kadar siviyi cekebilirsiniz icine. Ikinci kademeye kadar basarsaniz da (ki bu bir siviyi alirken degil verirken yapilir) icerideki tum siviyi disari atmis olursunuz. Tipinizin ucunda bir sey kalmamis olur. Simdi o zaman ozetle; pipete tipi taktik (dogru tipi takmak cok onemli ona sonra gelcem**) sonra birinci kademeye kadar bastik, basili tutuyoruz ve tipi, almak istedigimiz siviya daldiriyoruz (kesinlikle icine daldirdigimiz tupe degdirmeden). Siviyi almak icin basili tuttugumuz parmagimizi serbest birakiyoruz (Viscous liquids icin asagi bakiniz***) Aldik evet, bizde. Sonra baska bir yere aktarmak icin bu sefer birinci kademeye ama yetmezse ikinci kademeye kadar basiyoruz. Benim stilim her zaman ikinci kademeye kadar basmak. Allah utandirmasin kardesler ;)

En ama en kritik nokta su. Siviyi bir yerden baska bir yere aktariyorsunuz ve diyelim ki bu aktardiginiz yer baska bir sivi iceriyor. Bu durumda tipiniz bu ikinci sivinin icinden cikana kadar kesinlikle ikinici kademeye kadar basili tutuyorsunuz, birakmiyorsunuz basmayi. Anlamayanlar artik ogretmenlerine danissin lutfen. Eger bunu yapmazsaniz tipinizin icine tekrardan sivi cekersiniz ve ortalik karisir. Yapmayin sunu! Aaaaa!
Simdi tabi musluman kardeslerimiz soracak " Ama hocam 3 farzli pipetler gorduk?". Evet dogrudur, bazi pipetlerin 3 kademesi vardir. Ilk ikisi aynidir, ucuncusu ise tipi tamamen sokup atmaya yarar ki bunlar da mekruhlara girer oraya hic girmeyecegim.

Ikinci bir farzimiz ise tupleri (siklikla kullanilanlar 0.5, 1.5 ve 2.0 ml lik tupler olup kavanozda saklanirlar) kavanozdan cikarken elimizi katiyen ve asla kavanozun icine daldirmamaktir. Milli piyongo mu cekiyorz evladim! Bu ne terbiyesizlik ya! :) Simdi masani ethanol ilen bir guzel sil, sonra ac kavanozu, kavanozun kapagina dogru siseyi sallamak suretiyle dok tupleri ya da masaya da dokebilirsin. Sonra tuplerin kapaklarinin kenarlarindan tut ve kapa (ice dokunmak acayip buyuk gunahtir, hele de eldivensizsen oooo arkandan yasin indirseler de yanarsin...).  Sonra, kavanozun agzini kapa hatta bunu once de yapabilirsin. Sonra tuplere isim ver. Sevval olsun, haci ekrem olsun, isim ver karismasin musluman kardesim. Tupu actiktan sonra da ic kismina dokunmayasin. Kapagi tupe baglayan bir boynu vardir. Kapagi actiktan sonra icine dokunmadan, kapagin ucundaki cikintidan bastirarak eg kapagi disari dogru ki eline ya da pipete carpmasin kapak. Heh soyle! Artik bu kadar ayrintili tasvirlerden sonra... bilemiyorum.

Sonraki farz (bakin onluk giymek ya da eldiven giymek demedim bile) ise vortex-spin down ikilisi. Kimseler bilmez bu vortexlemek kac saniyedir ya da spin down kac saniyedir. Ama ilerleyen zamanlarda bunu hissedeceksin. Sadece tupun icinde neler olup bittigini hayal etmek lazim. Bu arkadaslar homojen karisirlar mi yoksa bu DNAlar kafalarina gore saf mi tutarlar, kim kime dum duma. Evet vortexin amaci her seyi karistirmak ve homojen hale getirmek iken, spin down un amaci ise tupun kenarlarinda ve kapakta kalan sivilari asagiya indirmektir. 

Buraya kadar gelmisken su konuya da parmak basayim, DNA ve RNA (ya da oligolariniz) oda sicakligina dayanikli ve vortexlemeye direnclidir. Bayagi rigid yani. Fakat olayin suyunu da cikarmamak lazim. Ama proteinler icin ayni seyi soyleyemem. Bildiniz uzre 1.,2.,3. ve 4. dereceden yapilari vardir proteinlerin. Bunlari kirmamaya dokmemeye ozen gostermek lazim. Uzun donem saklamak icin -20 ya da -80 derece daha iyidir hem DNA-RNA hem de proteinler icin. Peki bu DNA-RNA bu kadar dayanikli kardeslerimiz ise neden dolapta saklariz. Tabi ki de icine bakteri ve mantar kardeslerimiz sizmasin cogalmasin diye. Mesela 95 dereceye dayanikli polimerazlarimizi da -20 de saklariz cunku bakteriler yemesin onlari! :)

Evet "dengelemek" olayi da baska farzimiz tabi ki asla sunnet olamaz. Su santrifuje su tupleri koyarken dengeleyin olum bi gun icimizde patlicak! Korkuyorum zaten manyetik alan falan da uretiyor diye bazi giybetler dolasiyor ama giybet etmek gunahtir. Neyse, yani fizik derslerinden ogrenecegimiz ve kullanmamiz gereken iki bilgi var. Birincisi zaten; arti artiyi iter, eksi eksiyi iter ve arti eksiyi ceker (vice versa). Ikincisi de yuk carpi yuk kolu esittir kuvvet carpi kuvvet kolu. Burada da donme noktasini anlamak ve ona gore hesap yapmak onemli bir vazifedir. Baska da ogrenmemiz gereken bir sey yoktur kardeslerim. Santrifuju dengelemek icin moment ogrenin bu kadar. 


*Yukarida yazanin aksine sadece spin-down ile de goturebilirisiniz bubble bubblelari..

**Ayrica tip pipet uyumu marakaya gore degisebilir ama lablarda siklikla kullnailan su sari pipetler var. Onlari 200ul ye kadar olan pipetlere ve tabi ki 100 ul lik varsa ona,  10 ul lik ve 2.5 ul lik pipetlere de beyaz kucuk (kaclik oldugunu hala bilmedigim) tiplere takariz. Bir de su filtreli tiplerde de filtre pipetin ucuna dokunmamali zannimca. 

***Simdiiiiii, bu viscous liquids konusu basa beladir kardeslerim. Bunun vesvesesine gelmemek lazim, sabirli olmak lazim. Viscous demek akmaya direnci fazla demek yani bal gibi. Bunlar her yere yapisirlar, tipin icinden akmak bilmezler ve musluman kardeslerimizin sabrini denerler. Ben de nefret ederim bunlardan. Hatta baya baya evlat olsa sevilmezler. Napcaz? Sabirli olcaz, yavas yavas pipetle cekip, yavas yavas vericez pipetle. Bu kadar. Na-akiskan sivilarin gazina gelmemek lazim!


Yeni seyler aklima geldikce bu sayfayi yenileyecegim. Simdilik saglicakla kalin ey mubarekler!


1 Aralık 2016 Perşembe

Her Labda Bulabileceginiz Tipler

Su ana kadar Turkiye, Almanya ve Japonya'da lablar gordum. Tabi ki her labi bilmem mumkun degil ama bircogunda bulunan tipleri burada analiz edebilecegimi dusunuyorum. Yani Japonya'da bile bu tiplerden gorunce tamam bu olay demek ki her yerde boyle demedim degil kendi kendime... Bazilarini gercekten uzun uzun anlatasim var ama kisa kesecegim. Lab terimleri icerebilir, korkmaya luzum yok.

1- Her aletin maliyetini bilen cimri teknisyen/postdoc: Ya bu grup benim boyle en en en gicik oldugum grup diyebilirim. Bayagi gicik oluyorum ama yuzde yuz eminim bu benim gelecekteki versiyonum. Bu grup genelde doktora sonrasi ya da teknisyen oluyor yani labin agir abileri bunlar. Kac tane/ne kadar tip, tup, cam pipet, enzim, akol vb seyleri harcayabileceginizi size anlatirlar. Sununla bunu kiyaslarken onlarin en onem verdigi sey parasi yani maliyetidir. Sanirsiniz ki para ceplerinden cikiyor (hatta bazen bunu cidden dusunuyorum, maybe...). Bu tiplere o kadar gicik oluyorum ki inatlarina lateks yerine nitril eldiven kullanmak ( farklari icin bakiniz https://shenweiusa.wordpress.com/2009/08/14/difference-between-latex-nitrile-and-vinyl-glove-materials/), enzimleri bol bol tuketmek, suyu bile vortexlemek, bol bol tip ve tup kullanmak ve bu insanlarin ekonomisini batirmak istiyorum. 

2- Surekli ne yapip ne yapmamaniz gerektigini soyleyen teknisyen/doktora ogrencisi: Bu grup birinci grupla giciklik konusunda yarisir benim icin. Bunlar genelde teknisyen ise cok bozmuyor beni cunku bu uyari onlarin bir nevi gorevi ama doktora ise mezun olamasin/ makaleleri reddedilsin diye dua edebilirim. En cok yaptiklari sey birinci grup gibi maliyet hesabi yapmanin yaninda eldivenlerle hicbir yere dokunmamaniz ya da koridorda yurumemeniz, bir solusyon bosalirsa yerine tekrar doldurup koymaniz, buzdolabinin kapisinin kapandigindan emin olmaniz, enzimleri dolaptan cikardiktan sonra isik hiziyla yerine koymaniz ve buzdan cikarmamaniz konusunda.. vb her boktan konuda sizi uyarmaktir. Evet ben de biliyorum o eldivenle oraya dokunulmaz ama dokuncam iste bananeymis! Bir de bu insanlar polimeraz denilen enzimlerin kullanimi konusunda o kadar obsesiftir ki bazen cinsel hayatta problemleri oldugunu dusunuyorum. Ahahahahha:D  not funny :|  #noshame

3- Labin favori ogrencisi: Caliskan, zeki, surekli makale cikaran, deneyleri calisan, hocanin gozdesi eleman. Bunlarla arkadas olmamaya ozen gostermeliyiz..

4- Kisa sureli staj ogrencisi: Bu garibim laba kisa sureligine gelir. Baska staj ogrencisi yoksa genelde yalniz takilir cunku diger insanlarin yasi kendisinden kat be kat buyuktur. Tam laba alistim insanlarla kaynastim derken de staji bitiverir. Bunlarla arkadas olmaliyiz kesinlikle, onlara yazik. Evet, o benim.

5- Labda olmayan doktora/ postdoc: Surekli ama surekli muhabbeti gecen ama labda olmayan, hic gormediginiz hayalet budur. Bu kisi ya hamilelik iznine cikmistir ya da yurtdisina.

6- Rahat postdoc: Unumu eledim elegimi astim modundaki postdoctur. Bunu tabir edecek en iyi soylem su ola: sikerler boyutuna ulasmak. Evet, sorry ama bundan iyi tarif edilemez. Bitse de gitsek modundadir. Garibim stajyer ya da master varsa altinda calisan, her sorusuna cevabi sudur: cok da sey yapma ya o da olur... 

7- Gicik PI: Bu kisi labin sahibi, Assosiated Prof ya da Proftur. Yani docent ya da proftur. Derslere girmek ve ders vermek o kadar sikicidir ki... Bence haklilar da yani ac kitabi oku ogren canim:D Velhasil kelam, bu insan labin diger uyelerine sunumlari sirasinda iskence edercesine sorular sorar. Bilemezse yerin dibine sokar. Sen hangi okuldan mezundun tatlim, modundadir.

8- Iyi kalpli PI: Bulunamadi.

9- Pek hevesli lisans ya da master ogrencisi: Bunlar ileride baslarina neler geleceginden habersiz, masum canlilardir. Her labda onluk giyer, gerekirse saclarini toplarlar ve sabah erkenden labda olurlar. Tuvalete gitmek icin izin isteyen kanatsiz meleklerim benim ya:) Her zaman eldiven giyerler ve surekli bilimsel sorular sorular. Ogrenmeye actirlar. Tabi ki bir yil sonra o eldivenler cikar, saclar acilir, makyajlar yapilir, quizler sallanir... 

Liste boyle uzar gider. 

Dipnot:   
Not ortalamasi soran hoca: Hayatimda sadece bir kere karsilastim. Kendisi turunun tek ornegi olabilir. Bogazicili sevgili dostlarim simdi biyik altindan guluyordur.